Trong sinh thái học, từ hệ sinh thái là viết tắt của thuật ngữ, hệ thống sinh thái.
Một số coi đây là đơn vị cơ bản trong sinh thái học.
Không nên nhầm lẫn hệ sinh thái với quần xã sinh vật vì chúng nhỏ hơn quần xã sinh vật.
Chúng có thể lớn như sa mạc Sahara, nhưng nhỏ như một cái ao.
Thuật ngữ hệ vi sinh vật có thể được sử dụng để mô tả một hệ sinh thái rất nhỏ (thường đóng).